Momenteel is in het terrein de omtrek van het kloosterrein nog goed te herkennen. De markering door de voormalige kloostergracht is te zien in de huidige sloten rond bestaande bebouwing. Hoewel ten tijde van de kloostertijd deze sloot breder is geweest, is de plaats ervan onveranderd. De feitelijke plaats van gebouwen, in welke mate deze volgens het ideaalplan van Benedictus waren gebouwd, is niet bekend. Nader onderzoek is in 2010 uitgevoerd. Voor de resultaten zie de informatie onder het tabblad 'onderzoek'. In de omgeving zijn verschillende gebieden bekend als voormalig kloosterbezit. Deels grensden deze direct aan het kloosterterrein, veelal waren ze door schenking bij intreden, nalaten bij overlijden of aankoop verkregen. Gebieden van Noord Groningen tot bij Emmen waren in kloosterhanden, hoewel veelal verpacht voor gebruik. Als tastbare herinnering aan Yesse is in de Nicolaaskerk in Haren een beeld te zien dat verwijst naar het wonder dat heeft plaatsgevonden in het klooster. Het is gemaakt door Charles Vos in 1948, in opdracht van de Paters Jezuïeten van het (Sint) Maartenscollege. En uiteraard zijn er de vondsten uit Essen die te zien zijn in het Bezoekerscentrum.
Van kloostergebouwen is niets meer terug te vinden in de huidige gebouwen. Wel zijn kloostermoppen in funderingen verwerkt. Het laatste huis waarin bovengronds dergelijke stenen waren gebruikt is in 1973 afgebroken.